Proton pompa inhibitörleri karaciğerde metabolize olurlar. Metabolitleri idrar ve feçesle atılır. Proton pompa inhibitörleri (omeprazol, lansoprazol, pantoprazol, esomeprazol) ağırlıklı olarak CYP450 enzim sistemi ile metabolize olurlar. Bu sistemde yoğun olarak CYP2C19 ve CYP3A4 tarafından metabolize edilirler.
Rabeprazol ağırlıklı olarak non-enzimatik yolu kullanarak rabeprazol thioethere indirgenmektedir. Azda olsa rabeprazol de CYP2C19 ile metabolize olarak demetil rabeprazole, CYP3A4 ile metabolize olarak da rabeprazol sulfona dönüşmektedir.Dolayısı ile siroz hastalarında diğerlerine göre daha güvenlidir.